Stronka jak najbardziej udana i bardzo mi się podoba. Właściwie to jedyna taka (polska) sensownie  prowadzona strona , na bazie której to można zrobić istne centrum informacji dla studentów tegoż kierunku jak i zainteresowanych tą dziedziną. Jest całkiem sporo informacji z w miarę dokładnymi opisami(…)

Student II roku bioinformatyki UW

Grono redaktorów cały czas się powiększa. Jednakże ciekawych artykułów nigdy za wiele: każdego, kto chciałby zamieścić w temacie parę słów od siebie, gorąco do tego zapraszamy. W dziale kontakt znajduje się mail, na który można do mnie osobiście pisać.

Do zobaczenia wśród redaktorów serwisu bioinformatyk.eu!

BIT organizowany przez Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne jest nie tylko zlepkiem konferencji o międzydyscyplinarnej tematyce – jest to również czas nawiązywania ciekawych kontaktów czy praktycznego poznania narzędzi nauki. Podczas dwudniowej sesji posterowo-konferencyjnej można było odczuć jak szeroką dziedziną jest bioinformatyka i w jak wielu obszarach można się nią zajmować na co dzień. Pojawiały się ciekawe propozycje narzędzi jeszcze niepopularnych a wykazujących lepsze wyniki od powszechnie znanych, niepublikowane wyniki badań a nawet propozycje pracy. Wśród przedstawiających naukowców były osoby z Niemiec, Chorwacji, Singapuru, Szkocji, Francji, Hiszpanii i Polski (m. in. prof. Andrzej Koliński – laureat nagrody Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, tzw. „Polskiego Nobla” w 2009 roku).

Co ciekawe skład uczestników nie był jednolicie wypełniony bioinformatykami – uczestniczyli tu również informatycy, chemicy czy biologowie zainteresowani dziedzinami wykraczającymi poza wykształcenie. Po wysłuchaniu wykładów mogę stwierdzić, że program studiów bioinformatycznych składa się z przedmiotów, które mają duże znaczenie w zrozumieniu wielu gałęzi nauki i dopiero teraz zauważyłem, że mają one ważne zastosowanie w bioinformatyce. Podczas workshopu były poruszane tematy samej bioinformatyki jak i  genetyki, biochemii, medycyny, zoologii i taksonomii czy algorytmiki. Napięty harmonogram czasem nie wystarczył na wyczerpującą dyskusję w temacie, a pytań pojawiało się sporo. Na koniec wrzucam kilka linków spisanych w czasie wykładów i polecam na przyszłość uczestnictwo w tego typu projektach.

PS. Podobno jesteśmy bardziej podobni do gąbek niż do muszek owocowych.

http://bio-itworld.com

http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/

http://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/

http://gbio-pbil.ibcp.fr/

http://cbbl.imim.es/

http://sift.cchmc.org/

http://biocomp.chem.uw.edu.pl/

http://genesilico.pl/

http://www.genevol.org/

Program Workshopu BIT 2010

Wprowadzenie do bioinformatyki jest, owszem, ale potraktowane bardzo ogólnie. Pierwszy rok to raj dla biologów i chemików (głownie teoretycznych), muśnięta jest tez matematyka i informatyka, nieznacznie wykraczająca poza poziom licealnego mat-inf.

Niżej znajdziesz zestawienie przedmiotów wchodzących w skład nauczania pierwszaków Zaczęłam od tych najbardziej przyjemnych kończąc na najbardziej wymagających (oczywiście z mojego punktu widzenia):

Podstawy bioinformatyki – wspomniane już wyżej, wprowadzi Cię w świat BioInfo, niestety nie wszyscy wykładowcy potrafili zainteresować przedstawianą przez siebie subdziedziną

Informatyka – na obu semestrach, trochę teorii (systemy operacyjne, algorytmy), trochę praktyki (bazy danych, programowanie C++ i Python), moim zdaniem i tak sporo za mało, aby nauczyć się i zrozumieć o co w tym wszystkim chodzi

Fizyka – głownie materiał, który pojawił się już w liceum, omawia elementy dodatkowe, które mogą przydać się biologom

Matematyka – dużo zadań i teorii, rozwinięcie matematyki z liceum o całki i pochodne (jeśli ktoś nie miał)

Ekologia - przedmiot matematyczno-biologiczny z akcentem na to drugie

Chemia nieorganiczna – dużo teorii, trochę praktyki w laboratorium, częste kolokwia..

Chemia organiczna – j.w. no i kucia nieco więcej

Różnorodność roślin i grzybów – inaczej botanika, jest przedmiotem ciekawym, jednakże wymagającym przyswojenia sobie terminologii stricte biologicznej, osoby po profilu innym niż biol-chem mogą mieć tutaj problemy.

Oczywiście pojawił się też Angielski (obowiązkowo właśnie ten język) oraz WF.

A więc po pierwsze, studia na tym kierunku w pierwszym roku przynoszą dość spore zaskoczenie, gdyż więcej tu przedmiotów „pobocznych” (teoretycznie nie mających nic wspólnego z zagadnieniami bioinformatycznymi) niż właściwej biologii i informatyki. Owszem mamy zajęcia z „programowania”, „algorytmów” i „baz danych” w ramach szeroko rozumianej informatyki i zajęcia te póki co są najciekawsze. Pierwszym językiem programowania który powinien znać każdy bioinformatyk jest bez wątpienia Python, o którym informacje znajdziecie na tejże stronie.

Biologii jako takiej nie mamy, za to „różnorodność roślin i grzybów” wraz z „ekologią” jak najbardziej. Zakres materiałowy z matematyki wydaj się niezbyt dopasowany do przyszłych wymagań, lecz trudno przewidzieć, może i wiedza teoretyczna która jest nam wpajana przyda się później…zajęcia z chemii zarówno organicznej jak i nieorganicznej wydają się dość mocną pomyłką gdyż zajmują one większość czasu i sił młodych bioinformatyków, niestety trzeba to przetrwać zarówno jak laboratorium fizyczne (względnie ciekawe). Dziwną sprawą zdaje się być fakt iż wykłady z „bioinformatyki” mieliśmy tylko przez 1-szy semestr, gdyż brakuje czegoś wprowadzającego nas w szczegóły dotyczące przyszłych zajęć i związanej z tym pracy…

Co do tematu pracy w zawodzie bioinformatyka: z grubsza tłumacząc polega ona na przeprowadzaniu komputerowej symulacji czy dana substancja może być brana pod uwagę przy tworzenia danego leku, czy też należy odgórnie ją odrzucić, zaoszczędzając przy tym znaczne pieniądze (zamiast testować laboratoryjnie kilkaset tysięcy substancji, testy przeprowadzamy tylko dla kilku tysięcy/kilkuset najbardziej odpowiadających wymaganiom). Tak więc perspektywa pracy w koncernach farmaceutycznych jest wielce kusząca (i zyskowna dla obu stron)…tyle teorii, czas pokaże jak wyglądać to będzie w praktyce…