Praktyka w Austrian Centre of Industrial Biotechnology

Szczegółowe informacje : in english

ACIB oferuje praktykę z zakresu bioinformatyki, modelowania szlaków metaboliczynych oraz projektowania szczepów. Pożądana jest znajomość następujących programów: perl, matlab i/lub mathematica. Preferowani są studenci 4 lub 5 roku studiów. Informacja na temat dotychczasowej pracy grupy badawczej zajmującej się ww. badaniami znajduje się na stronie:

http://lamp3.tugraz.at/~acib/index.php/wbPage/wbShow/metabolicmodelling

Zgłoszenia w języku angielskim zawierające CV, list motywacyjny, wykaz zaliczeń oraz referencje należy przesyłać do 15 grudnia br. na adres:

Juergen Zanghellini
Austrian Centre for Industrial Biotechnology
Muthgasse 11/DG, A1190 Vienna, Austria, EU
juergen.zanghellini@acib.at
Tel.: +43 1 47654 8042;

Szczegółowe informacje : in english

Do 15 listopada każdy chętny może zgłaszać swoje uczestnictwo, może też zgłosić własny poster lub referat. Opłata rejestracyjna (wpisowe), nie obejmująca noclegu i wyżywienia wynosi 50 zł

Wszystkich entuzjastów biologii serdecznie zapraszamy!

Więcej informacji na stronie konferencji.

Już niedługo powstaną specjalistyczne studia doktoranckie, w całości refundowane z Europejskiego Funduszu Społecznego oraz  z budżetu Państwa. Cała inicjatywa jest wynikiem współdziałania trzech jednostek:

• Polsko-Japońskiej Wyższej Szkoły Technik Komputerowych
• Firmy Genomed Sp. z o.o oraz
  
• Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie, oddział w Gliwicach

Podpisały one umowę o współpracy w celu realizacji projektu „Interdyscyplinarna kadra akademicka na rzecz rozwoju gospodarki opartej na wiedzy”. Program wyróżnia merytoryczna specjalizacja w dziedzinie „Personal genomics„, czyli badania genomów ludzkich w celach diagnostycznych.

Więcej informacji znajdziesz w załączonym pliku : Note: There is a file embedded within this post, please visit this post to download the file.

Understanding the regulation of gene activity is key to learning about or controlling biological processes. With the increasing availability of genome scale profiling technologies, it is the interpretation of the resulting high-dimensional data sets that has become a major bottle-neck. Computational methods need to be developed and validated that can take advantage of complementary data sources and a context of existing knowledge.

In this context, we can offer two pre-doctoral fellowships in Bioinformatics as part of an international PhD programme at the interface of basic science and applications in the fields of protein biotechnology.

We invite applications from highly motivated, outstanding students.
While travel is not necessary, we have active collaborations with Cambridge, and encourage exchange with our partners. Vienna is a thriving international city with a vibrant scientific environment and excellent quality of life.
We offer internationally competitive conditions and benefits.
You will have a university degree in a technical or scientific discipline at the M. Sc. level or equivalent. Research in this field requires good statistical and software engineering skills. Candidates must hence be able to demonstrate previous coding experience (e. g., in R, C/C++ or Java, Perl or Python, Bash, ). The projects involve complex data sets and experience with bioinformatics data analysis is an advantage.
The interdisciplinary nature of the group`s work means that good communication skills in English are essential. (Working knowledge of German is a plus.)

Additional information and requirements for project:

Joint modelling of gene expression patterns and regulatory potential of genome sequence regions for sensitive process identification

can be seen under  http://bioinf.boku.ac.at/job21.php

To submit an application, please follow the instructions on the programme pages, http://biotop.boku.ac.at/. The programme secretary will be happy to assist you with any questions about formal requirements and the application process (biotop@boku.ac.at)

Post-doctoral research fellow, bioinformatics 3yrs+
Boku University Vienna

We need an outstanding scientist excited about integrated approaches for the analysis of heterogeneous data (expression profiles, phosphorylation proteomics, sequence analysis results, and various heterogeneous databases). Experimental data are generated by experienced colleagues in house.

Our group focusses on the challenge of extracting structured insight from genome-scale experiments. Besides working with colleagues in the group, established and novel analysis tools will be applied to the study of host-parasite interactions (biocontrol project, http://bioinf.boku.ac.at/biogen.php).

While travel is not necessary, we have active collaborations with Cambridge, and encourage exchange with our partners. Vienna is a thriving international city with a vibrant scientific environment and excellent quality of life.
We offer internationally competitive conditions and benefits. The position is available immediately and has an initial tenure of three years.
You need a PhD in a technical or scientific field and must have experience in at least one of these three areas:

1. Classical or probabilistic analysis of DNA or protein sequences,
2. Integration of bioinformatics databases and analysis tools,
3. Analysis / interpretation of microarray data.

You will be responsible for the development of novel integrated approaches in the deep bioinformatics analysis of heterogeneous data sets, applying and adapting existing systems as well as developing novel components as needed. Solid skills and experience in software development under Unix (e.g., Matlab or R, C/C++ or Java, Perl or Python, Bash … ) are therefore required.
An interest in interdisciplinary work and excellent communication skills in English are essential. (Working knowledge of German is a plus).

We look forward to receiving your application. Applications will be considered until the position has been filled and should be addressed to David Kreil. Please include a cover letter, a curriculum vitae, a list of publications, and the names of three referees, who should be asked to send references to us directly. Feel free to please contact us if you have any questions.

David P Kreil
bijobs10@boku.ac.at
Tel. Number: +43-1-36006-6830
FAX Number: +43-1-36006-6847
http://bioinf.boku.ac.at

Warunki standardowe

Są to warunki, gdy:

• ^temperatura
• ^ciśnienie

Prawo Daltona

oznacza ciśnienie cząstkowe i-tego składnika, jest tego ułamkiem molowym. Prawo gazów doskonałych stosuje się do każdego ze składników oddzielnie:

Równanie van der Waalsa

Gdzie to objętość molowa gazu

Stałe a i b wyrażają odpowiednio wzajemne przyciąganie cząsteczek i ich rozmiary. Poniżej temperatury krytycznej izotermy van der Waalsa wykazują minima i maksima co ma związek z procesem skraplania gazu. Te minima i maksima przechodzą w jeden punkt, gdy temperatura, ciśnienie i objętość osiągają wartości krytyczne. Dla tych warunków słuszna są następujące relacje:

Równanie wirialne

Gdzie jest objętością molową, B,C.. to stałe niezależne od objętości, lecz zależne od temperatury

Zasada stanów odpowiadających sobie

Zależność współczynnika ściśliwości od ciśnienia zredukowanego dla tych samych wartości temperatury zredukowanej , jest taka sama dla wszystkich gazów rzeczywistych. Zasada stanów odpowiadających sobie jest opisana za pomocą zredukowanego równania van der Waalsa:

gdzie są odpowiednio zredukowanym ciśnieniem, objętością i temperaturą

Temperatura Boyle’a

Jest to taka temperatura, przy której pochodna osiąga wartość równą zeru w czasie, gdy ciśnienie zmierza do zera.

Lepkość

gdzie jest gęstością gazu, m to masa cząsteczki

Dla układów rozpuszczalnik-substancja rozpuszczona:

gdzie jest lepkością czystego rozpuszczalnika.

Inne:

Normalna temperatura wrzenia cieczy wynosi zwykle ok. 2/3 jej temperatury krytycznej, jeśli temperatury te wyrazi się w skali bezwzględnej.

Zasady termodynamiki

Funkcje stanu są to takie funkcje, których wielkości zależą jedynie od aktualnego stanu układu, a nie od sposobu, w jaki układ osiągnął ten stan. Przykładem wielkości tego typu są ciśnienie, objętość, temperatura, energia wewnętrzna i entalpia.

W przeciwieństwie do funkcji stanu inne wielkości zależą od drogi. Są to na przykład ciepło wymieniane przez układ oraz praca wykonana podczas zmiany stanu układu. Jeśli  przemiana odbywa się w sposób odwracalny, to w każdym punkcie drogi, wzdłuż której odbywa się przemiana, układ jest w stanie równowagi. W takim stanie ciśnienie i temperatura są ściśle określone.

Odwracalne izotermiczne rozprężanie gazu.

, gdzie to ciśnienie zewnętrzne.

Praca wykonana w takiej przemianie:

Skoro dla gazu doskonałego i jesli T = const. to:

Nieodwracalne izotermiczne rozprężanie gazu

W tym przypadku jest bliżej nieokreślone i , jednakże nie możemy już skorzystać z równania Clapeyrona.

Pierwsza zasada termodynamiki

Entalpia

Praca wytwarzana przez układ

lub

Ciepło molowe

,  oznaczają odpowiednio ciepło molowe w warunkach stałego ciśnienia i stałej objętości.

Współczynnik Joule’a-Thomsona

Przemiany gazów doskonałych

Przemiana izotermiczna:

dU = 0, dH = 0 / zmiana energii wewnętrznej układu i entalpii = 0



q = Delta U +w

Przemiana izobaryczna:

Przemiana izochoryczna:

Przemiana adiabatyczna:

q = 0, a więc dU = – dw lub , stąd:

Zasada ekwipartycji energii

Ciepło molowe gazu, którego cząsteczki są n-atomowe, składa się z następujących udziałów:

1. translacyjnego: 3R/2
2. rotacyjnego: 2R/2 (cząsteczki liniowe) i 3R/2 (cząsteczki nieliniowe)
3. oscylacyjnego: (3n-5)R (cząsteczki liniowe) i (3n-6)R (cząsteczki nieliniowe)

W przybliżeniu można przyjąć, że w temperaturze 25 C ciepło molowe jest sumą udziałów translacyjnego i rotacyjnego oraz około 20% udziału oscylacyjnego.

Prawo Hessa

Zmiany entalpii i energii wewnętrznej nie zależą od drogi.

Ciepło tworzenia i spalania

Ciepło tworzenia substancji (czyli zmiana entalpii tworzenia) jest to ciepło związane z utworzeniem 1 mola tej substancji z pierwiastków znajdujących się w stanach standardowych. Ciepło spalania (zmiana entalpii spalania) jets to ciepło spalania 1 mola danej substancji w tlenie, przy czym produktami są CO₂ i woda.

H = U + pV     F = U – TS     G = H – TS

Entropia i ciepło

lub , gdzie C to ciepło molowe

Odwracalna przemiana adiabatyczna

W tego typu przemianie  a zatem dla gazu doskonałego:

Cykl Carnota

Dla cyklu Carnota, w którym przemiany izotermiczne odbywają się w zakresie temperatur T₁ do T₂, przy czym T₁ jest temperaturą niższą, można sformułować następujące relacje:

czyli

Pracę wytwarzaną przez taki silnik cieplny wiąże się zwykle z ciepłem pobranym w temperaturze wyższej czyli T₂ :

Z kolei ciepło odprowadzane przez chłodnicę okresla zalezność:

lub – wyrażenie w nawiasie ma wartość ujemną, podobnie jak wartość pracy w

Równanie Clausiusa-Clapeyrona

Reguła Troutona

, gdzie to molowe ciepło parowania a to normalna temperatura wrzenia.

Równanie Laplace’a

, gdzie jest różnicą ciśnień po obu stronach zakrzywionej powierzchni cieczy, R₁ i R₂ są promieniami krzywizny tej powierzchni, a jest napięciem powierzchniowym. Cisnienie jest wyższe po wklęsłej stronie powierzchni, np. ciśnienie wewnątrz kropli czy też bańki mydlanej jeż wyższe niż na zewnątrz. W przypadku powierzchni kulistej równanie Laplace’a przybiera postać:

, gdzie r jest promieniem kuli.

Prawo Raoulta

Prawo dla układów wieloskładnikowych.

Dla układu dwuskładnikowego:

Roztwory doskonałe

Roztwór doskonały charakteryzuje się zerowym ciepłem mieszania. Podczas mieszania składników takiego roztworu nie zachodzi zmiana objętości. objętość roztworu równa się sumie objętości poszczególnych składników.

Roztwory rzeczywiste

Dla takich roztworów prawo Raoulta i prawo Henry’ego są prawami granicznymi:

oraz

k_A jest stałą Henry’ego

Reguła faz

F + P = C + 2

gdzie: F – liczba stopni swobody, P – liczba faz, C – liczba składników

Konferencja współorganizowana jest przez Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne oraz Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu (Grupę Teoretycznej Biofizyki Molekularnej – TMBG http://tmbg.fizyka.umk.pl/

Szczegółowe informacje znajdują się na stronie http://bit.edu.pl.

Zapraszamy wszystkich chętnych do uczestnictwa.