Bioinformatyk.eu nowy serwis o bioinformatyce i programowaniu

ATVN, czyli Akademicka Telewizja Naukowa jest całodobowym kanałem telewizyjnym o profilu naukowym, emitowanym przez Internet. Nadawanie to rozpoczęła 1 października 2002 roku. Jest projektem zgłoszonym i przyjętym do realizacji w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (ICM) UW. Jednym z jej celów  jest promowanie nauki w Polsce. ATVN zrealizowała i wyprodukowała w ramach projektu  ponad [...]

Tym razem chciałbym napisać parę słów o flatfile, czy o formacie używanym przez kilka dużych baz danych takich jak DDBJ, GenBank(należący do zespołu baz NCBI), EBI. Relacje między indywidualnymi formatami flatfile zapewniają efektywność w wymianie informacji między tymi bazami danych. Flatfile stosowany przez DDBJ i GenBank jest prawie identyczny, natomiast wykorzystywany przez EBI różni się [...]

FASTA, to określenie popularnego tekstowego formatu danych (zwanego również Pearson), w którym składuje się informacje dotyczące sekwencji nukleotydowych lub peptydowych. Pojedyncze nukleotydy lub aminokwasy są reprezentowane przez pojedyncze litery. Standardowy plik fasta może zawierać od jednej do kilkudziesięciu, albo  i więcej sekwencji. Każda z nich poprzedzona jest wierszem rozpoczynającym się od symbolu ”>”. Znak ten [...]

PDB w skrócie, a dokładnie The Protein Data Bank to w biologii strukturalnej powszechnie znane repozytorium danych o strukturze trójwymiarowej dużych cząsteczek (np. białek) uzyskanych metodą rentgenografii strukturalnej lub spektroskopii NMR i zamieszczanych w internecie przez naukowców z całego świata. Pliki z zapisaną strukturą w specjalnym formacie .pdb są dostępne za darmo a zawartość baz [...]