Zrodzeni z chaosu

Według mitologii greckiej Wszechświat i wszystkie jego elementy pochodzą z Chaosu – pierwotnego, nieuporządkowanego stanu egzystencji. Chociaż daleki od mitologicznego znaczenia tego pojęcia, stan współczesnej szybko rozwijającej się nauki wydaje się czasem niebezpiecznie zbliżać do potocznego rozumienia słowa chaos. Szybkość produkcji danych naukowych wyprzedza nieraz możliwości ich przetworzenia i sensownego wykorzystania. Brak standaryzacji i odpowiedniego opisu sprawia, że wiele wyników badań przynosi niewielki pożytek, a potencjalnie ważne informacje w natłoku innych po prostu się gubią.

Podobnie jak pierwotny mitologiczny Chaos zrodził w końcu istoty, które dały początek uporządkowanemu światu, tak z chaosu informacyjnego na gruncie biologii wyłania się właśnie nowa klasa specjalistów. Ich zadaniem jest wprowadzanie reguł w zbiorach danych, porządkowanie informacji i uważne domontowywanie nowych elementów do wcześniej ułożonej naukowej układanki.

Biokurator – zaciszna praca na drugiej linii.

Charakter zadań biokuratora sprawia, że jego praca różni się od działań typowego naukowca, którego metaforycznie umiejscowić można na pierwszej linii naukowego pola bitwy. Zamiast badacza-odkrywcy spędzającego większość czasu w laboratorium, który jawić się może podobnie do odkopującego artefakty archeologa, biokuratora postrzegać należy raczej jak swoistego współczesnego kustosza epoki cyfrowej, dbającego o właściwe przechowywanie i udostępnianie kolekcji mozolnie zbieranych przez innych danych.

Ze względu na charakter tej pracy, nie każdy planujący związać swoje życie zawodowe z nauką łatwo odnajdzie się w profesji biokuratora. Z drugiej strony, ze względu na mile widziany wcześniejszy staż pracy naukowej i doświadczenie co najmniej na poziomie post-doc, stanowisko biokuratora może być satysfakcjonującą odmianą dla osób pracujących na polu nauk biologicznych, które nie odnalazły pełnego zadowolenia w pracy laboratoryjnej i na typowej ścieżce kariery naukowej.

Osoby pragnące zmienić szalki, mikroskop i pipety na komputer i odnaleźć przyjemność w zawodzie biokuratora powinny przede wszystkim lubić przekopywanie się przez duże ilości literatury oraz odnaleźć w sobie żyłkę detektywa. Zamiłowanie do systematyczności i czerpanie przyjemności z kreowania porządku, to potencjalnie dodatkowe zalety adeptów takiej pracy. W zakresie obowiązków biokuratora znajduje się najczęściej swoista kontrola jakości rezultatów badań przeznaczonych do późniejszej publikacji, ekstrakcja i organizacja informacji pochodzących z baz literatury naukowej oraz właściwy opis i dołączanie nowych danych do zbiorów, umożliwiających ich łatwe wyszukiwanie. Biokuratorzy biorą również udział w projektowaniu i rozwijaniu ontologii mających właściwie reprezentować schemat pojęciowy danych obszarów wiedzy.

Profesja biokuratora pozwala obcować z „żywą” nauką na najwyższym poziomie, chociaż nie łączy się na ogół z koniecznością tworzenia i publikacji własnych prac. Stanowisko takie daje mniej okazji uczestnictwa w konferencjach naukowych, jednak jako jego zaletę można postrzegać także fakt braku konieczności żmudnego pozyskiwania funduszy na własną pracę.

Niewielu dzisiaj, wielu jutro

Obecnie osoby uprawiające zawód biokuratora to jeszcze swoista elita. Założone trzy lata temu zrzeszające biokuratorów stowarzyszenie ISB (International Society for Biocuration) liczy niewiele ponad 300 członków, którzy pracują w około 100 instytucjach naukowych na świecie. Jednak rozwój technologii znacznie ułatwiającej na przykład sekwencjonowania DNA i wiążący się z tym przyrost koniecznych do uporządkowania danych prawdopodobnie szybko ten stan rzeczy zmieni. Już niedługo zamiast profesją nielicznych, specjalizacja „biokurator” może stać się poszukiwanym przez pracodawców i powszechnie oferowanym przez uczelnie kierunkiem rozwoju zawodowego.

Przydatne linki:
O tym, jak biokuratorzy sami definiują swój zawód, jakich narzędzi używają w swym działaniu oraz jak wygląda rynek pracy w tej profesji, dowiedzieć się można na stronie: ISB International Society for Biocuration.
Kolekcja artykułów poświęconych zagadnieniom zawodu biokuratora znajduje się tutaj: PLoS Computational Biology: Biocurators.
Obrazowy przykład wspaniałych rezultatów żmudnej pracy biokuratorów odnaleźć można w postaci: Comparative Toxicogenomics Database.

Źródła:

Bourne, P.E. i McEntyre, J. (2006). Biocurators: Contributors to the World of Science. PLoS Computational Biology, 10. doi:10.1371/journal.pcbi.0020142

Sanderson, K. (2011). Bioinformatics: Curation generation. Nature, 470. doi:10.1038/nj7333-295a

Specjalizacje

• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu
• Specjalność kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, prowadzona wspólnie z Wydziałem Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku biotechnologia na Wydziale Chemicznym Politechniki Wrocławskiej
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Informatyki i Nauki o Materiałach Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku informatyka (Modelling and Visualisation in Bioinformatics, studia w języku angielskim) na Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku biotechnologiana Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej
• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Przyrodniczo-Technicznym Uniwersytetu Opolskiego
• Specjalność na kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
• Specjalność kierunku informatyka na wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie

Termin składania prac to 31 października 2011 roku.

Co to oznacza?
Ciągle masz szansę zdobyć cenne nagrody, jeśli prześlesz swój artykuł.

Osoby, których prace są już w serwisie, mają dodatkowy czas na zdobywanie głosów.

Wejdź na en.bioinformatyk.eu, zobacz prace konkursowe, oceń najlepszą!
Może wpadniesz na pomysł, co samemu możesz napisać?

Chcesz wiedzieć więcej?
Zapraszamy na http://en.bioinformatyk.eu/the-contest
Na twoje pytania chętnie odpowiemy również drogą emailową: contest małpka bioinformatyk.eu

Miejsce: Wydział Biologii, UAM, Umultowska 89, Poznań

Plan szkolenia:

1.Wprowadzenie do bioinformatyki.

2.Różne typy danych biologicznych.

3.Najważniejsze bazy danych NCBI, DDBJ, EMBL.

4. Opis baz danych NCBI:

- GenBank, GenPept, PubMed, BookShelf.

5.Wyszukiwanie sekwencji podobnych w bazach danych. Algorytmy i narzędzia:

- BLAST, PSI-BLAST.

6.Analiza sekwencji nukleotydowych.

7. Analiza sekwencji białkowych.

8. Algorytmy – przyrównanie lokalne i globalne.

9. Podstawy analiz filogenetycznych.

Więcej szczegółów oraz dane kontaktowe: Note: There is a file embedded within this post, please visit this post to download the file.

Zapraszamy!

Mamy przyjemność ogłosić dziewiątą edycję Poznańskiej Letniej Szkoły Bioinformatyki. Kurs odbędzie się w dniach 11 – 15 lipca 2011 na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Tegoroczna edycja skupia się głównie wokół tematów związanych z zaawansowanymi technikami analizy genomów.

Poznańska Letnia Szkoła Bioinformatyki to wszechstronny kurs bioinformatyki. Jest on przygotowany z myślą o osobach, które chcą wzbogacić swoją wiedzę w dziedzinie bioinformatyki. Dlatego też nasz kurs daje możliwość by dowiedzieć się jak używać niektórych narzędzi bioinformatycznych i jak przeprowadzić analizy bioinformatyczne, istotne w zakresie prowadzonych badań.

Kurs składa się zarówno z wykładów jak i z ćwiczeń (prowadzonych przez naukowców z Polski i z zagranicy) – taki układ zajęć powinien doskonale spełniać Twoje oczekiwania ponieważ daje możliwość wypróbowania wielu metod i narzędzi

W tym roku poruszane będą następujące tematy:
* Genetyka populacyjna
* Technologie sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
* Składanie sekwencji
* Analizy asocjacyjne całego genomu (GWAS)
* mikroRNA
* Analizy elementów powtarzalnych
* Narzędzia do analiz i adnotacji genomowych
* Złożoność genomów i alternatywny splicing
* Reaktom – reakcje, ścieżki i procesy biologiczne

Wszystkie szczegóły dotyczące Poznańskiej Letniej Szkoły Bioinformatyki można znaleźć na stronie:
http://lemur.amu.edu.pl/bioinfo

Serdeczne pozdrowienia,
Komitet Organizacyjny PLSB

Kontakt: genomics@amu.edu.pl

Przedstawiamy  http://en.bioinformatyk.eu, nową stronę internetową o bioinformatyce dla uczniów oraz studentów i doktorantów. W serwisie znajdziesz artykuły i doniesienia naukowe zaprezentowane na  sposób przystępny i zrozumiały dla każdego zainteresowanego tą fascynującą dziedziną nauki.

Równocześnie ze startem anglojęzycznej wersji strony bioinformatyk.eu, ogłaszamy międzynarodowy konkurs na najciekawszy artykuł !

Do wyboru masz wiele ciekawych tematów:

• Narzędzia bioinformatyki i sprytne algorytmy których używasz
• Zadziwiające fakty i  doniesienia naukowe
• Twoje badania, licencjat, praca magisterska i inżynierska oraz doktorat
• Recenzje książek, wydarzeń i wiele innych !

Sugerujemy, abyś nie umieszczał/a w artykule całej pracy naukowej. Najważniejsza jest forma przekazu, tak aby temat mogło zrozumieć jak najszersze grono odbiorców.

Jak wziąć udział w konkursie?

Stwórz swój artykuł, w języku angielskim, o długości 200-1000 słów w programie typu MS Word lub OpenOffice. Ilustracje do artykułu zapisz w osobnych plikach (.jpg lub .png). Na koniec wyślij wszystko na contest@bioinformatyk.eu. O resztę zatroszczymy się my .

Termin nadsyłania artykułów konkursowych upływa 18-go września  2011 roku.

Pamiętaj o prawach autorskich do nadsyłanych artykułów. Jeśli zamieszczasz wyniki swoich badań naukowych itp. upewnij się, że masz zgodę od swojego promotora.

Nagrody!

• Nagroda główna to  150,- USD (450 zł)
• Drugie miejsce : 50,- USD
• Nagroda czytelników: 50,- USD
• Nagroda Dziekana Wydziału Biologii: książki bioinformatyczne o wartości  ~300 USD

Aktualności oraz szczegółowy regulamin znajdziesz na:

http://en.bioinformatyk.eu/the-contest/

ORGANIZATORZY:

Justyna Wojtczak     (Redaktor naczelna)

Teresa Szczepińska   (ISCB-SC Vice Chair)

Kristian Rother  ( Faculty advisor)

SPONSORZY:

Dziekan Wydziału Biologii UAM

prof. dr hab. Bogdan Jackowiak