R jest językiem skryptowym, który pozwala na implementację kodu, o dużym zapotrzebowaniu na zasoby w języku kompilowanym np. w C. Nic też nie stoi na przeszkodzie, aby do wybranych funkcji R’a odwoływać się z innych języków np. C lub Java. Nie jest językiem czysto obiektowym, chociaż posiada pewne elementy języka obiektowego. Jest bardzo elastyczny i pozwala na dużą swobodę. Ponadto jest językiem wieloplatformowym.

Doczekał się on także wielu nakładek graficznych, które pozwalają na wykorzystywanie funkcji bez znajomości samego języka np. RStudio, czy Rcmdr.

Środowisko R ma budowę modułową. Moduły nazywają się pakietami, których na chwilę obecną w repozytorium dostępnych jest 3440. Możliwości jest, więc naprawdę dużo, a liczba ta wciąż rośnie.

Niebywałą zaletą R’a jest łatwość z jaką tworzy się dowolne wykresy i pisząc dowolne mam na myśli dosłownie dowolne (wystarczy zobaczyć RGraph Gallery).

Dynamiczny rozwój środowiska i otwartość kodu pozwala programistom implementować nowe funkcje o wiele szybciej niż w przypadku komercyjnych pakietów statystycznych. Ponadto liczna grupa użytkowników nadzoruje prawidłowość kodu.

Dynamiczny rozwój ma jednak swoje wady, które z drugiej strony dla wprawnego użytkownika mogą być zaletami. To, co najbardziej irytuje to czasem zbyt lakoniczna lub nie pełna informacja na temat zastosowanego algorytmu działania pewnych funkcji oraz pewnych efektów ubocznych. Jednak liczna i otwarta grupa użytkowników oraz mnogość implementacji algorytmów, z których można wybierać rekompensuje ten niedostatek.

Zaciekawionych zapraszam na blog: http://r.fork.edu.pl/ .

Chociaż nie związana ściśle z bioinformatyką, konferencja organizowana przez Instytut Informatyki i Instytut Psychologii Stosowanej Uniwersytetu Jagiellońskiego powinna zainteresować wszystkie osoby, których życie i praca intensywnie powiązane są z funkcjonowaniem w globalnej sieci. Szeroki wachlarz poruszanych tematów pozwoli każdemu odnaleźć zagadnienia, które najbardziej go interesują. Interdyscyplinarny charakter imprezy umożliwi spojrzenie na prezentowane problemy z wielu perspektyw.

Na imprezie poruszane będą między innymi kwestie Internetu jako środowiska, dziennikarstwa internetowego, marketingu sieciowego, współczesnej internetowej komunikacji. Pełna lista tematów obejmuje:

• psychologiczne i socjologiczne aspekty Internetu
• etyczne aspekty funkcjonowania człowieka w wirtualnej rzeczywistości
• dziennikarstwo w Internecie
• marketing w sieci
• portale społecznościowe i technologie Web 2.0
• przestępstwa w sieci oraz aspekty prawne Internetu
• savoir – vivre w sieci
• wirtualną komunikację
• Internet jako środowisko pracy
• sieć jako facylitator wydarzeń społecznych i politycznych

Wszystkie osoby zainteresowane funkcjonowaniem współczesnego człowieka w Internecie powinny rozważyć umiejscowienie uczestnictwa w tym wydarzeniu pośród styczniowych planów i wpisanie konferencji „Człowiek zalogowany” do swojego kalendarza.

Więcej informacji na temat konferencji „Człowiek zalogowany”, która odbędzie się w dniach 13 – 15 stycznia 2012 roku w Krakowie, odnaleźć można pod adresami:  http://www.ips.uj.edu.pl/konferencja-interdyscyplinarna-czlowiek-zalogowany i http://www.czlowiekzalogowany.pl/ .

Praktyka w Austrian Centre of Industrial Biotechnology

Szczegółowe informacje : in english

ACIB oferuje praktykę z zakresu bioinformatyki, modelowania szlaków metaboliczynych oraz projektowania szczepów. Pożądana jest znajomość następujących programów: perl, matlab i/lub mathematica. Preferowani są studenci 4 lub 5 roku studiów. Informacja na temat dotychczasowej pracy grupy badawczej zajmującej się ww. badaniami znajduje się na stronie:

http://lamp3.tugraz.at/~acib/index.php/wbPage/wbShow/metabolicmodelling

Zgłoszenia w języku angielskim zawierające CV, list motywacyjny, wykaz zaliczeń oraz referencje należy przesyłać do 15 grudnia br. na adres:

Juergen Zanghellini
Austrian Centre for Industrial Biotechnology
Muthgasse 11/DG, A1190 Vienna, Austria, EU
juergen.zanghellini@acib.at
Tel.: +43 1 47654 8042;

Szczegółowe informacje : in english

Zrodzeni z chaosu

Według mitologii greckiej Wszechświat i wszystkie jego elementy pochodzą z Chaosu – pierwotnego, nieuporządkowanego stanu egzystencji. Chociaż daleki od mitologicznego znaczenia tego pojęcia, stan współczesnej szybko rozwijającej się nauki wydaje się czasem niebezpiecznie zbliżać do potocznego rozumienia słowa chaos. Szybkość produkcji danych naukowych wyprzedza nieraz możliwości ich przetworzenia i sensownego wykorzystania. Brak standaryzacji i odpowiedniego opisu sprawia, że wiele wyników badań przynosi niewielki pożytek, a potencjalnie ważne informacje w natłoku innych po prostu się gubią.

Podobnie jak pierwotny mitologiczny Chaos zrodził w końcu istoty, które dały początek uporządkowanemu światu, tak z chaosu informacyjnego na gruncie biologii wyłania się właśnie nowa klasa specjalistów. Ich zadaniem jest wprowadzanie reguł w zbiorach danych, porządkowanie informacji i uważne domontowywanie nowych elementów do wcześniej ułożonej naukowej układanki.

Biokurator – zaciszna praca na drugiej linii.

Charakter zadań biokuratora sprawia, że jego praca różni się od działań typowego naukowca, którego metaforycznie umiejscowić można na pierwszej linii naukowego pola bitwy. Zamiast badacza-odkrywcy spędzającego większość czasu w laboratorium, który jawić się może podobnie do odkopującego artefakty archeologa, biokuratora postrzegać należy raczej jak swoistego współczesnego kustosza epoki cyfrowej, dbającego o właściwe przechowywanie i udostępnianie kolekcji mozolnie zbieranych przez innych danych.

Ze względu na charakter tej pracy, nie każdy planujący związać swoje życie zawodowe z nauką łatwo odnajdzie się w profesji biokuratora. Z drugiej strony, ze względu na mile widziany wcześniejszy staż pracy naukowej i doświadczenie co najmniej na poziomie post-doc, stanowisko biokuratora może być satysfakcjonującą odmianą dla osób pracujących na polu nauk biologicznych, które nie odnalazły pełnego zadowolenia w pracy laboratoryjnej i na typowej ścieżce kariery naukowej.

Osoby pragnące zmienić szalki, mikroskop i pipety na komputer i odnaleźć przyjemność w zawodzie biokuratora powinny przede wszystkim lubić przekopywanie się przez duże ilości literatury oraz odnaleźć w sobie żyłkę detektywa. Zamiłowanie do systematyczności i czerpanie przyjemności z kreowania porządku, to potencjalnie dodatkowe zalety adeptów takiej pracy. W zakresie obowiązków biokuratora znajduje się najczęściej swoista kontrola jakości rezultatów badań przeznaczonych do późniejszej publikacji, ekstrakcja i organizacja informacji pochodzących z baz literatury naukowej oraz właściwy opis i dołączanie nowych danych do zbiorów, umożliwiających ich łatwe wyszukiwanie. Biokuratorzy biorą również udział w projektowaniu i rozwijaniu ontologii mających właściwie reprezentować schemat pojęciowy danych obszarów wiedzy.

Profesja biokuratora pozwala obcować z „żywą” nauką na najwyższym poziomie, chociaż nie łączy się na ogół z koniecznością tworzenia i publikacji własnych prac. Stanowisko takie daje mniej okazji uczestnictwa w konferencjach naukowych, jednak jako jego zaletę można postrzegać także fakt braku konieczności żmudnego pozyskiwania funduszy na własną pracę.

Niewielu dzisiaj, wielu jutro

Obecnie osoby uprawiające zawód biokuratora to jeszcze swoista elita. Założone trzy lata temu zrzeszające biokuratorów stowarzyszenie ISB (International Society for Biocuration) liczy niewiele ponad 300 członków, którzy pracują w około 100 instytucjach naukowych na świecie. Jednak rozwój technologii znacznie ułatwiającej na przykład sekwencjonowania DNA i wiążący się z tym przyrost koniecznych do uporządkowania danych prawdopodobnie szybko ten stan rzeczy zmieni. Już niedługo zamiast profesją nielicznych, specjalizacja „biokurator” może stać się poszukiwanym przez pracodawców i powszechnie oferowanym przez uczelnie kierunkiem rozwoju zawodowego.

Przydatne linki:
O tym, jak biokuratorzy sami definiują swój zawód, jakich narzędzi używają w swym działaniu oraz jak wygląda rynek pracy w tej profesji, dowiedzieć się można na stronie: ISB International Society for Biocuration.
Kolekcja artykułów poświęconych zagadnieniom zawodu biokuratora znajduje się tutaj: PLoS Computational Biology: Biocurators.
Obrazowy przykład wspaniałych rezultatów żmudnej pracy biokuratorów odnaleźć można w postaci: Comparative Toxicogenomics Database.

Źródła:

Bourne, P.E. i McEntyre, J. (2006). Biocurators: Contributors to the World of Science. PLoS Computational Biology, 10. doi:10.1371/journal.pcbi.0020142

Sanderson, K. (2011). Bioinformatics: Curation generation. Nature, 470. doi:10.1038/nj7333-295a

Specjalizacje

• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu
• Specjalność kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, prowadzona wspólnie z Wydziałem Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku biotechnologia na Wydziale Chemicznym Politechniki Wrocławskiej
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Informatyki i Nauki o Materiałach Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku informatyka (Modelling and Visualisation in Bioinformatics, studia w języku angielskim) na Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku biotechnologiana Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej
• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Przyrodniczo-Technicznym Uniwersytetu Opolskiego
• Specjalność na kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
• Specjalność kierunku informatyka na wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie

Szukamy informatyków, bioinformatyków i/lub fizyków, chemików lub biologów, którzy maja doświadczenie w programowaniu i są zainteresowani bioinformatyką strukturalną i/lub metabolizmem kwasów nukleinowych.

Projekt powinien rozpocząć się na przełomie 2011 i 2012.

Wynagrodzenie od 5500 zł / miesiąc na rękę (umowa o pracę, pełny etat), finansowane ze środków grantów European Research Council, MNiSW i DFG, na okres 1-3 lat..

• Jeden z proponowanych projektów związany jest z badaniem metabolizmu kwasów nukleinowych (m.in. dojrzewania i degradacji RNA oraz naprawy uszkodzeń w DNA) z użyciem metod biologii systemów. W szczególności interesuje nas zastosowanie modelowania analitycznego i/lub stochastycznego z użyciem technik takich jak sieci Petriego oraz rozwój baz danych związanych z tą tematyką (m.in. opracowane przez naszą grupę MODOMICS i REPAIRtoire) w kierunku ilościowego opisu reakcji, których substratami są kwasy nukleinowe. Poszukujemy głównie osób mających doświadczenie z modelowaniem metabolizmu.
• Drugi projekt związany jest z rozwojem narzędzi do modelowania i projektowania RNA i kompleksów białko-RNA oraz oddziaływań makrocząsteczek z ligandami. W szczególności interesuje nas rozwój narzędzi do modelowania gruboziarnistego (stosującego zredukowane reprezentacje analizowanego systemu) i wieloskalowego (stosującego różne reprezentacje równocześnie) oraz zastosowanie technik Monte Carlo i potencjałów statystycznych. Preferowani będą kandydaci, którzy mają doświadczenie w tworzeniu metod do modelowania struktury makrocząsteczek i symulowania ich dynamiki.

Wymagane:

• doktorat z nauk ścisłych lub przyrodniczych
• doświadczenie w bioinformatyce udokumentowane publikacjami
• doświadczenie w programowaniu, najlepiej Python i C++
• znajomość biologii strukturalnej białek i kwasów nukleinowych lub znajomość biologii systemów (symulowanie procesów metabolicznych)
• Aplikacja musi zawierać: 1) Curriculum vitae; 2) List motywacyjny (zawierający m.in. opis oczekiwań kandydata oraz jego wizji w jaki sposób jego umiejętności i zdolności mogą stanowić wartość dodana do obecnego zespołu prof. Bujnickiego) ; 3) Kontakt do co najmniej dwóch pracowników naukowych, którzy mogą wystawić referencje zainteresowanemu kandydatowi.

Aby aplikacja mogła być rozpatrzona, musi zawierać następujące sformułowanie:
„Wyrażam zgodę na przetwarzanie danych osobowych w celach rekrutacji zgodnie z ustawą z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych (tekst jedn.: Dz. U. z 2002 r. Nr 101, poz. 926 z późn. zm.).”

Aplikacje przyjmowane są wyłącznie e-mailem na adres: iamb@genesilico.pl (Prof. Janusz Bujnicki)

Termin składania aplikacji: w trybie ciągłym, do zapełnienia miejsc.