Specjalizacje

• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu
• Specjalność kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, prowadzona wspólnie z Wydziałem Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Specjalność kierunku biotechnologia na Wydziale Chemicznym Politechniki Wrocławskiej
• Specjalność kierunku informatyka na Wydziale Informatyki i Nauki o Materiałach Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku informatyka (Modelling and Visualisation in Bioinformatics, studia w języku angielskim) na Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego
• Specjalność kierunku biotechnologiana Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej
• Specjalność kierunku biologia na Wydziale Przyrodniczo-Technicznym Uniwersytetu Opolskiego
• Specjalność na kierunku informatyka stosowana na Wydziale Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
• Specjalność kierunku informatyka na wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie

Dr hab. inż. Piotr Formanowicz, prof. PP (przewodniczący)
Dr hab. Anna Gambin, prof. UW
Dr hab. Izabela Makałowska, prof. UAM

organizuje konkurs na najlepszą pracę magisterską w dziedzinie bioinformatyki i biologii obliczeniowej.

Do konkursu mogą być zgłaszane prace magisterskie przygotowywane na polskich wyższych uczelniach i w instytutach naukowych, które zostały obronione w Polsce w terminie 01.01.2009 – 31.12.2009.
Przewidziano 1 nagrodę główną za najlepszą pracę : 1000 zł, oraz 2 wyróżnienia po 500zł.
Prace mogą być zgłaszane przez autorów lub promotorów (w obu przypadkach nagrodę otrzymuje wyłącznie autor).

Termin zgłoszenia upływa 31 maja 2010 roku.

Szczegóły i regulamin konkursu na  stronie PTBI .

„Matematyka interesowała mnie od zawsze, mimo to bardzo długo nie mogłam zdecydować się na kierunek studiów. Czysta matematyka teoretyczna, oderwana od praktycznych zastosowań, jest interesująca, ale wolałam swoje życie zawodowe ukierunkować bardziej praktycznie. Stąd wziął się wybór kierunku studiów – informatyka na Politechnice Poznańskiej.

Biologią molekularną zaczęłam interesować się na trzecim roku studiów i miałam nadzieję, że w przyszłości uda mi się połączyć te dwie dziedziny wiedzy w swojej pracy. Udało się, gdyż kilka miesięcy później prof. Jacek Błażewicz zaproponował pierwszy na Politechnice temat z zakresu bioinformatyki. Wspólnie z biochemikami z Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu stawialiśmy pierwsze kroki w tym obszarze badawczym.  Bioinformatyka to informatyka i matematyka zastosowane do problemów biologicznych. Trzeba pamiętać, że nie jest to jedynie implementacja programów, podstawa bioinformatyki to teoria matematyczna gwarantująca poprawność konstruowanych algorytmów. Twierdzenia matematyczne, nowe lub już istniejące w teorii, stosuje się do modelowania procesów biologicznych. Kiedy znajdzie się już takie matematyczne ujęcie, można napisać algorytm, program, który dany problem rozwiązuje. Rezultaty tej pracy najbardziej przydają się biologom molekularnym, którzy przeprowadzają eksperymenty w laboratoriach i otrzymują ogromną ilość informacji. Eksperymenty te, jak wszystkie, są obarczone błędami. Przetwarzanie takiej informacji jest w obecnych czasach praktycznie niemożliwe bez zastosowania narzędzi i metod informatycznych.

Komputery weszły na stałe do laboratoriów biologicznych. Nawet maszyny realizujące bardzo zaawansowane eksperymenty biologiczne są już zintegrowane z komputerem. Taki sprzęt pobiera próbki biologiczne, przetwarza je i dzięki programom stworzonym przez bioinformatyków przedstawia biologom gotowe rozwiązanie. Moja praca polega na tworzeniu teorii matematycznej oraz projektowaniu nowych algorytmów. Często dopracowanie szczegółów algorytmu trwa bardzo długo, nawet kilka lat, i jest to zazwyczaj praca zespołowa także z udziałem biologów służących swoją wiedzą ekspercką.”

Dr hab. inż. Marta Kasprzak, profesor nadzwyczajny w Instytucie Informatyki

źródło: http://www.dziewczynynapolitechniki.pl/

Jak zapewne zauważyliście, w bioinformatyce zazwyczaj używa się angielskiego, ze względu na ogrom materiałów, stron www i publikacji właśnie w tym języku. Stąd też opanowanie go jest niezbędne, aby móc się ciągle rozwijać w tej pasjonującej dziedzinie nauki..

Najprostszym, podstawowym zbiorem słów jest tzw, OGDEN’s BASIC ENGLISH, będący zbiorem 850 słów podstawowych. Lista  ta została rozszerzona później do 1500 a następnie do 2000. Oszacowano, iż nauczenie się listy podstawowej to kwestia 40h, zapewnia ona zrozumienie do 50% tekstów czytanych.

Inną ciekawe zestawienie, zawierające od razu polskie tłumaczenia, jest lista 2000 najczęściej wystepujących słów.  Jak autor zapewnia, jest ona najbardziej prawdopodobna, gdyż jest to średnia z wszystkich innych list dostępnych w internecie. Na stronie są też przygotowane dodatkowe materiały w postaci tabelek wspomagających nauczanie i liczne ćwiczenia. 2000 słów to minimum wystarczające do porozumiewania się w języku angielskim.

Jeszcze inną listę, tym razem 3000 słów, prezentuje Oxford University Press. Jako ciakawostka:

• In a typical lower intermediate text close to 100% of the words will be Oxford 3000 keywords.
• In a typical upper intermediate text 90-95% of the words will be Oxford 3000 keywords.
• In a typical advanced text 75-90% of the words will be Oxford 3000 keywords.

Myślę, żę temat jest ciekawy, będę go dalej rozwijać i wrzucę też przykładowy kod w Pythonie do generowania własnych słowników, obejmujących już specjalistyczne słownictwo z konkretnej dziedziny wiedzy.

Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego wyraziło zgodę na prowadzenie przez Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt  na Uniwersytecie Przyrodniczym we Wrocławiu unikatowego kierunku studiów (czyli kierunku spoza listy określonej przez Radę Główną Szkolnictwa Wyższego)  o nazwie „bioinformatyka” od roku akademickiego 2010/2011. Uczelnia otrzymała na uruchomienie tego kierunku 4,7 mln zł w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. Kierunek studiów bioinformatyka będzie realizowany jako studia stacjonarne I stopnia. Absolwent po ukończeniu studiów otrzyma tytuł licencjata.

W Radiu Wrocław Dziekan wspomnianego wydziału odpowiedział na pytania dotyczące uruchamianego kierunku. Mówił między innymi o tym, czym jest bioinformatyka i w czym może współcześnie pomóc:

Wiek XXI to jest wiek biologii molekularnej, genetyki. I też tego nikt nie kwestionuje, bo gdy poznaliśmy genom człowieka, szympansa, ale i zwierząt gospodarskich, ale i wszystkich innych organizmów. W zasadzie im więcej wiemy, tym więcej mamy pytań, na które nie znajdujemy odpowiedzi. A zatem potrzebne jest modelowanie, wyjaśnianie, analizowanie procesów biologicznych za pomocą metod i narzędzi informatycznych. I tym ma się zająć ta bioinformatyka.

Profesor Andrzej Filistowicz zapowiada w wywiadzie bezpłatne szkolenia dla osób zainteresowanych, również spoza środowiska akademickiego. W ramach uruchamiania nowego  kierunku odbędą się staże dla pracowników, zakup 75 wysokiej klasy komputerów. Czy kandydat wybierający się na takie studia będzie miał problemy ze znalezieniem pracy?

Nie, nie powinien mieć. Fakt, że pierwszy nabór jest mały – 75 osób, a zatem będzie pewne sito kwalifikacyjne. One są adresowane głównie do tych osób, które mają zamiłowanie w naukach ścisłych: matematyka, fizyka i biologia. I teraz jeśli połączą, będą to absolwenci szkół średnich o profilu biologiczno-chemicznym, matematyczno-fizycznym, jeśli połączą te dwie dziedziny na tym jednym kierunku studiów, będą specjalistami poszukiwanymi na rynku pracy.

Ostatnio obserwujemy nowy trend w obszarze akademickim. Coraz więcej uczelni decyduje się na tworzenie kierunków ściśle bioinformatycznych lub pokrewnych.  Unikat jest w tym momencie tylko fachowym ministerialnym określeniem odmiany kierunku tworzonego na specjalnych zasadach. Czy rzeczywiście istnieje aż takie zapotrzebowanie na rynku pracy? Może niech wypowiedzą się absolwenci…

• Nagranie wywiadu z odnośnikiem do zapisu tekstowego
• Więcej informacji na stronie UP we Wrocławiu

Propozycja skierowana jest szczególnie do osób zainteresowanych informatyką i przedmiotami przyrodniczymi.  Przedmioty informatyczno-matematyczne będą prowadzone przez wykładowców na Politechnice, natomiast te biologiczno-chemiczne, , jak można się domyślić,  głównie na UAM. Taki podział umożliwi zdobycie wiedzy na bardzo wysokim poziomie merytorycznym, gdyż ściśle związanym z profilem danej uczelni.

Więcej informacji znajdziesz na: http://www.bioinformatyka.edu.pl/