One problem that database curators face is how to get credit for maintaining a database over a long period of time very important work, but none that can be called „novel research”. NAR supports this group by allowing half of the articles in the database issue to be „updates”, i.e. resubmission of a database that was already published at least two years ago. This is why a database author reading through the table of contents usually can find a lot of „old friends” there.

The 2011 edition is no exception here: One can find updates of the PDB, GenBank, Rfam, and miRBase databases. But there are many completely new developments, like:

• PmiRKB, a database of microRNA and its precursors in Arabidopsis thaliana (http://bis.zju.edu.cn/pmirkb/).
• PRIDB, a collection of 3D structures of protein–RNA interfaces (http://pridb.gdcb.iastate.edu/index.php).
• ModBase, a repository containing more than 10 million protein homology models (http://salilab.org/modbase).

.. just to name a few.

And what about the databases that don’t make it into the journal? NAR also provides a „Molecular Database Collection” along with the special issue, a well-curated catalog of 1330 biological databases, which can count as the most complete and up-to-date resource of this type in the field.

But the probably best aspect about the NAR database collection is that all articles are free to read. This is made possible by the Open Access model of the journal, that requires authors to pay a charge for publishing an article.

The Nucleic Acids Research 2011 Database Issue can be found at:
http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1

(c) 2011 Kristian Rother

Szczęśliwie bioinformatyka i związane z nią gałęzie wiedzy nie występują tylko w przestrzeni literatury ograniczonej do treści podręczników. Bywają one także kanwą intrygujących dzieł, tworzonych w domenie literatury pięknej. Jako, że dynamicznie przesuwająca się granica odkryć, na styku dyscyplin takich jak genomika, proteomika i ewolucjonizm jest niebywale inspirująca, jej beletrystyczne owoce znajdziemy najczęściej – co nie jest zaskakujące – w domenie pisarstwa science-fiction.

Jedną z niedawno wydanych na naszym rynku pozycji, w których genetyka, procesy ewolucyjne i niezbadane białka stanowią trzon rozwijającej się przed oczyma czytelnika fabuły, jest wydana przez Wydawnictwo Solaris „Teranezja” autorstwa, znanego z dzieł należących do kręgu zaawansowanej fantastyki, australijskiego pisarza Grega Egana.

Prabir Suresh, główny bohater opowieści, jest dzieckiem małżeństwa biologów, prowadzących badania naukowe nad dotychczas nieznanym, tajemniczym gatunkiem motyli, zamieszkujących małą wysepkę w archipelagu Południowych Moluków. Podczas gdy jego rodzice próbują rozwikłać niepasującą do dotychczasowej wiedzy o ewolucji zagadkę entomologiczną, mały Prabir, który sam także fascynuje się już nauką, spędza swój czas beztrosko, poznając przyrodę wyspy oraz opiekując się swoją ukochaną młodszą siostrą. To rajskie życie, na skrawku własnego, tropikalnego lądu, kończy się raptownie, gdy południowe rubieże Indonezji ogarnia pożoga wojny domowej. Nie oszczędza ona spokojnej i wydawałoby się, zapomnianej przez wszystkich wysepki. Przyszłość Prabira rzucona zostaje na zupełnie nowy tor – od tej chwili jest on jedynym protektorem swojej siostry, a jego dalsze życie, spędzane daleko od ciepłych wód pogranicza Pacyfiku i Oceanu Indyjskiego, nie ma już nic wspólnego z fascynującym światem nauki i eksplorowaną przez jego rodziców nierozwiązaną zagadką.

Przeszłość, z której tak nagle został wyrwany, ponownie jednak wkracza w jego życie kilkanaście lat później. Omal w jednej chwili, z trudem zbudowane, lecz niekoniecznie ekscytujące, życie niedocenianego programisty, pracującego dla banku, znowu nasycone zostaje wyzwaniami. Prabir w konsekwencji decyzji swojej siostry, która jako studentka biologii postanawia wziąć udział w ekspedycji badawczej w rejon pracy swoich rodziców, zmuszony jest zakwestionować cały dotychczasowy ład swej egzystencji. Nie ma innego wyjścia, jak tylko zmierzyć się ponownie z wyzwaniem narzuconej sobie roli, zastępującego ojca i matkę, opiekuńczego brata oraz porachować się z demonami przeszłości, które kryją się zarówno w jego własnej psychice, jak i coraz bardziej niesamowitym ekosystemie wyspiarskiej dżungli. Wszystko to dzieje się przy okazji powracającego wciąż wątku poszukiwania rozwiązania niezwykłej, biologicznej łamigłówki, którą rozszyfrować, próbowali jego rodzice. Tajemnicze zjawisko, będące odstępstwem od znanych reguł ewolucji, które początkowo objawiało się w istnieniu tylko jednego niezwykłego gatunku motyli, zaczyna rozszerzać się na inne gałęzie drzewa filogenetycznego, w coraz bardziej niezwykłym i dynamicznie zmieniającym się ekosystemie.

„Teranezja” to książka łącząca w sobie zalety dobrej fantastyki z cechami powieści przygodowej. Egzotyczna sceneria akcji, dodaje wiele walorów tej opowieści. Oprócz uczestnictwa w intelektualnym pościgu za prawdą, czytelnik ma poczucie obcowania, w miarę rozwoju opisywanej przygody, z dalekim i na ogół słabo znanym, obszarem geograficznym i kulturowym. Osadzenie akcji w bliskiej przyszłości jest z kolei powodem, dla którego można uznać „Teranezję” za książkę godną polecenia nie tylko zagorzałym miłośników fantastyki naukowej, z jakich na ogół wywodzą się fani prozy Egana, ale również szerszemu gronu czytelników. Jest to powieści dla każdego, kto zainteresowany jest lekką, niepozbawioną odrobiny „akcji”, lekturą, okraszoną intrygującymi pomysłami i spekulacjami odnoszącymi się do obszaru ewolucji biologicznej.

Książka Grega Egana jest bardzo zrównoważona w zakresie narracji. Oprócz rdzenia fabuły, jakim jest swoiste biologiczne śledztwo, rozpoczynające się od badań nad gatunkiem niezwykłych motyli, dalej rozszerzające się coraz bardziej i porywające w końcu czytelnika głęboko w bystry nurt intelektualnej spekulacji, zawarte są w niej również inne wciągające wątki. Nawet, jeśli znika nam na chwilę z oczu motyw ewolucyjnej tajemnicy, z uwagą śledzić możemy realistycznie nakreślone dylematy, jakie dotykają głównego bohatera. Po drodze nie brakuje także wplecionych w fabułę wtrętów o naturze światopoglądowej. W tekście odnaleźć możemy na przykład, niemaskowaną za bardzo, krytykę dyskursu postmodernistycznego i podobnych mu, pojawiających się czasem na styku nauk społecznych i humanistycznych, prądów intelektualnych, które mając wątłe podstawy dla swych twierdzeń, próbują nieraz podważać dorobek nauk ścisłych. W powieści piewcami tego „awangardowego” sposobu myślenia jest dalsza krewna Prabira i jej życiowy partner, z którymi los wiąże na pewien czas rodzeństwo bohaterów. Chronienie siostry przed negatywnymi konsekwencjami przesączenia do jej umysłu dziwnego, quasi-naukowego rozumowania, jest dla Prabira zadaniem omal równie poważnym, jak chronienie jej przed koszmarem wojny. Kontrast pomiędzy nauką, a uprawianą pod jej sztandarem pseudonauką pojawia się zresztą w powieści jeszcze kilkukrotnie. Nie są to jednak jedyne dodatkowe wątki, budujące bogactwo kompozycji książki, z których resztę zapewne bez problemu odnajdzie każdy czytelnik.

Powieść tę trudno zaliczyć do dzieł wybitnych i można się oczywiście spierać, jakie jest jej miejsce w hierarchii twórczości australijskiego pisarza, choćby w porównaniu z innymi jego utworami – na przykład wspaniałym „Miastem Permutacji”. Jednak interesująco zobrazowany pomysł nowatorskiego spojrzenia na potencjał ewolucji, atmosfera przygody i ciągłego odkrywania czegoś nowego oraz niespłycone – co często bywa bolączką literatury science-fiction - lecz dobrze zarysowane, postaci, sprawiają, że może być to nie tylko przyjemna lektura, ale naprawdę stymulująca literacka rozrywka, dla każdego, kto z pasją zajmuje się w swoim życiu rozszyfrowywaniem tajemnic genów, białek i im podobnych molekularnych bytów.

Wiele osób zamierzających wtajemniczyć się w tematy, którymi zajmuje się bioinformatyka, może być lekko zaskoczona tym, że nie ma wiele materiałów traktujących o niej w języku polskim. Jednak ta sytuacja ulega powoli poprawie. Najlepszym tego przykładem jest książka, o której dzisiaj mowa – ,,Bioinformatyka i ewolucja molekularna” napisana przez Paula G. Higgsa i Terresę K. Attwood.

Książka ta to świetne wprowadzenie w tematykę bioinformatyki, która obejmuje wiele tematów znajdujących się w kręgu zainteresowania bioinformatyki. Znajdziemy w niej takie rozdziały jak:

1. Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych

2. Kwasy nukleinowe, białka i aminokwasy

3. Ewolucja molekularna i genetyka biomedyczna

4. Modele ewolucji molekularnej

5. Zasoby informacji o genach i białkach

6. Algorytmy wyznaczania dopasowań sekwencji

7. Przeszukiwanie baz danych sekwencji

8. Metody filogenetyczne

9. Wzorce sekwencyjne w rodzinach białek

10. Metody probabilistyczne i nauczanie maszynowe

11. Wybrane zagadnienia ewolucji molekularnej i analizy filogenetycznej

12. Ewolucja genomu

13. Mikromacierze DNA, omy i omiki

Dodatek matematyczny

Jednakże nie dajmy się zwieść pozorom. Pozycja ta nie wyczerpuje wymienionych pozycji w sposób satysfakcjonujący, jednak sądzę, że nie taki był zamiar autorów. Książka ta ma służyć zaznajomieniu się z tematem, zdobyciu podstaw do dalszego zgłębiania wiedzy w konkretnych dziedzinach oraz „osłuchania” się z nazewnictwem bioinformatycznym, które w przypadku języka polskiego jest ciągle rozwijane.

Jak wiemy zarówno informatycy jak i biolodzy mogą zainteresować się bioinformatyką (oczywiście, każdy może, ale te dwie grupy z pewnością są największe). Informatyk zatem potrzebuje informacji biologicznych, które nie są przedmiotem jego studiów, a biolog informatycznych, co umożliwia niniejsza publikacja. Dodatkowym atrybutem jest prosty i zrozumiały język co skutkuje skupieniem się na tym co najważniejsze – zrozumieniu tematu.

Jednak większość informacji, do ich pełnego zrozumienia wymaga znajomości pewnych zagadnień z zakresu matematyki. Osoby, które nie miały z nią zbyt dużo do czynienia powinny zacząć lekturę od dodatku matematycznego. Każdy rozdział kończy się zadaniami, które mają za zadanie sprawdzenie poziomu zaadsorbowanej wiedzy.

Szczerze polecam książkę wszystkim tym, którzy dopiero zaczynają swoją przygodę z fascynującą dziedziną wiedzy jaką niewątpliwie  jest bioinformatyka.

„Prediction of Protein Structures, Functions and Interactions”

Data wydania: Grudzień 2008

Redakcja: prof. dr hab. Janusz Bujnicki

Rosnąca fala  nowych danych badawczych tworzonych przy sekwencjonowaniu genomu nadaje impetu rozwojowi zautomatyzowanych metod przewidywania  dla funkcji białek, które zostały wywnioskowane na podstawie analiz sekwencji oraz braku charakterystyki badawczej.

„Prediction of Protein Structures, Functions and Interactions” przedstawia wyczerpujący przegląd  metod przewidywania struktur i funkcji białek z naciskiem na ich dostępność i możliwości łączenia. Metody modelowania indywidualnych białek, przewidywanie ich interakcji oraz  łączenia w struktury są  przedstawione w kontekście przewidywania ontologii genów (proces biologiczny, funkcja molekularna i komponenty komórkowe) i omówione w świetle ich udziału w wyłaniającej się dziedzinie biologii systemowej.  Tematy zawarte w książce obejmują:

• pierwsze kroki w analizie sekwencji białek i przewidywaniu struktur
• automatyczne przewidywanie funkcji białek z sekwencji
• oparte na szablonie przewidywanie  trójwymiarowych struktur białek: „rozpoznawanie pofałdowania” i modelowanie homologiczne
• pozostałe nieszablonowe przewidywanie trójwymiarowych struktur białek
• przewidywanie interakcji na poziomie molekularnym: od małych ligand do złożonych kompleksów białkowych
• połączenia makromolekularne
• integrowanie przewidywania struktur, funkcji i interakcji

„Prediction of Protein Structures, Functions and Interactions” skupia się na metodach używanych w technikach CASP które są wciąż rozwijane i  utrzymywane, i łatwo dostępne  dla badaczy akademickich zarówno jako serwery sieci web jak i programy używane lokalnie.  Jest to  niezbędny przewodnik po najnowszych, najlepszych metodach przewidywania struktur i funkcji białek dla badaczy,  studentów zaangażowanych w pracę w bioinformatyce strukturalnej, chemii białek, biologii strukturalnej i odkrywaniu nowych leków.

(prof. Bujnicki otrzymał za książkę nagrodę indywidualną w zakresie osiągnięć naukowych I stopnia od Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego w roku 2009)

Książka raczej niedostępna w księgarniach polskich, niektóre biblioteki uniwersyteckie posiadają jej egzemplarze, w okresie dostępności kosztowała ok. 390 zł.

Bioinformatyka Inteligentna wymaga tylko podstawowych wiadomości biologicznych, bioinformatycznych czy informatycznych jest skierowana do czytelników zainteresowanych tematyką niezależnie od uprawianej dziedziny.  Trzy rozdziały wprowadzające do biologii, bioinformatyki i złożoności wyszukiwania i optymizacji przygotowuje czytelnika z niezbędną wiedzą  do zrozumienia treści zawartych w kolejnych ośmiu rozdziałach, z których każdy poświęcony jest technikom inteligentnym w bioinformatyce.

Książka ta również zawiera wiele odwołań do software’u oraz dostępnych w Internecie informacji, w  czasopismach naukowych i  innych, tworząc w ten sposób  niezbędne odnośniki dla ‘inteligentnego bioinformatyka’.

Bioinformatyka Inteligentna skierowana jest do osób po ukończeniu studiów oraz badaczy takich dziedzin jak bioinformatyka czy genomika,  zarówno dla informatyków zainteresowanych tą dyscypliną, jak i naukowców dziedzin przyrodniczych mających  przygotowanie do analizy dużej ilości danych.

Źródło: http://eu.wiley.com/