#!/bin/bash

Komentarze poprzedzamy znakiem #, same skrypty zapisujemy z rozszerzeniem .sh i nadajemy im prawa do wykonywania poleceniem:

chmod +x nazwa_skryptu.sh

Wywołanie skryptu następuje przez wpisanie w konsoli:

./nazwa_skryptu.sh

tail

Samo wpisanie tail nazwa.pliku lub tail -10 nazwa.pliku spowoduje wyświetlenie 10 ostatnich linii tego pliku.

Aby wypisać na ekran treść sekwencji z pliku fasta, z pominięciem nagłówka, wpisujemy

tail -n +2 test.fasta

grep

Grep umożliwia wyszukiwanie zadanego ciągu znaków z pliku, np

cat test.fasta | grep attc

Polecenie cat odczytuje zawartość pliku i przekierowuje ją przez potok do polecenia grep, które wyszukuje ciągu „attc” i wyświetla wynik na ekranie.

Dodanie parametru -i pozwala uniezależnić wyszukanie od wielkości liter, np

cat test.fasta | grep -i ATTC

zwróci ten sam wynik.

wc

– wypisuje liczbę linii, słów i bitów danego pliku,
parametry:
-l liczba linii
-m liczba znaków
-w liczba słów
-c liczba bajtów

Aby przypisać do zmiennej wynik działania komend wystarczy ująć je w nawias () poprzedzony $:

zmienna=$(cat sekwencja.txt|wc -m)
echo $zmienna #tu będzie ilość znaków w pliku sekwencja.txt czyli liczba aminokwasów/nukleotydów występujących w danej sekwencji

Zamiast nawiasów okrągłych i znaku dolara można ująć wyrażenie w apostrofy:

zmienna=`cat sekwencja.txt|wc -m`

Przykłady użycia wywołań złożonych :

• Wyszukiwanie w plikach:

find /home/sekwencje -type f -print0 | xargs -r0 grep -l -F -i 'ACGT'

wyszukuje rekurencyjnie w katalogu /home/sekwencje wszystkie pliki zawierające łańcuch ‘acgt‘ i wypisuje je razem ze ścieżką na ekran

• Zliczanie znaków:

tail -n +2 test.fasta | fold -w1 | sort | uniq -c

Wypisuje liczbę aminokwasów/nukleotydów z sekwencji zapisanej w formacie fasta

automatyczne uruchomienie wielu skryptów pod rząd

Jeśli musimy uruchomić wiele skryptów na raz i chcemy zautomatyzować tę czynność, możemy wrzucić wszystkie potrzebne skrypty do jednego katalogu (ścieżka np /home/user/scripts) i napisać skrypt wywołujący je po kolei:

for SCRIPT in /home/user/scripts/*
do
if [ -f $SCRIPT -a -x $SCRIPT ]
then
$SCRIPT
fi
done

Zmienna $SCRIPT przechowuje wszystkie nazwy plików, czyli naszych skryptów w danym katalogu, pomijając jednak pliki ukryte.

Testy -f i -x sprawdzają odpowiednio czy dany element jest plikiem oraz czy posiada prawa do wykonywania. Minusem przedstawionego tu rozwiązania jest brak możliwości przekazania parametrów podczas wywołania skryptów.

Pierwsze wrażenie jak chodzi o Unity jest dziwne. Ktoś wychowany na Windowsach, a także GDE lub KDE, na pewno przeżyje w pierwszej chwili szok. Zupełnie nowe ustawienie okien i obsługa interface’u są jednak zrobione dobrze i logicznie, przez co da się je obsługiwać intuicyjnie. Zwłaszcza górny pasek, wykazuje duże podobieństwo do gnoma. Nowością jest jednak pasek boczny, który umożliwia szybszy dostęp i jednocześnie pokazuje aktywne zadania. Dodatkowo przycisk „start” rozwija nam szybki dostęp do konkretnych funkcji systemu, jak np. web, czy music.

Również dostęp do programów i katalogów, rozwiązano w sposób, do którego trzeba się przyzwyczaić. Drzewo katalogów wygląda tu dziwnie i do momentu opanowania tego wszystkiego, nawet znalezienie home’a może być początkowo trudne. Dzięki Bogu istnieje tu jednak bardzo dobra wyszukiwarka, pozwalająca szybko znaleźć to czego szukamy. Dodatkowo, wszystko jest pogrupowane kategoriami, które po opanowaniu, pomagają nawigować po systemie.

Zupełnie dobrze też sprawdza się wyszukiwanie programów, które pozwala szybko i sprawnie znaleźć interesującą nas grę, odtwarzacz, czy edytor tekstu.

Ogólnie Unity spodobało mi się do tego stopnia, że obecnie jest moim domyślnym środowiskiem na laptopie. Jest najmniej pamięciożernym, ze wszystkich dostępnych „desktopów” co również wpływa na jego ocenę. Poza tym, będzie to teraz pakiet bardzo mocno rozwijany, co może mu tylko pomóc i poprawić to, co jeszcze nie działa idealnie (a niewiele tego).

Myślę, że Ubuntu 11.04 może być bardzo ciekawe i przełomowe, zwłaszcza jeśli chodzi o środowisko graficzne. Wojna między GDE, a Unity rozpęta się na dobre, co będzie tylko z korzyścią dla nas.

• Bioknoppix
• Bio – Linux
• BioPuppy

Dystrybucje te wyposażone są w oprogramowanie niezbędne do pracy w niektórych dziedzinach biologii. Dzięki temu, że są wersjami live, nie musimy ich instalować, wystarczy, że uruchomimy je zamiast zainstalowanego systemu operacyjnego. Jednakże co jeśli mamy już linuksa? Czy nie lepiej zainstalować odpowiednie programy i nie utrudniać sobie życia innym linuksem?

Dzięki twórcom Scibuntu mamy taką możliwość.  Scibuntu jest paczką zawierającą oprogramowanie przydatne w codziennej pracy badawczej. Znajdziemy w niej między innymi:

• Narzędzia służące do redagowania i czytania publikacji naukowych
• Menadżer odwołań
• Narzędzia matematyczne i statystyczne
• Narzędzia do używania plotera
• Narzędzia fizyczne
• Narzędzia chemiczne
• Narzędzia bioinformatyczne
• Narzędzia konsolowe

W czasie instalacji możemy wybrać, które pakiety mają zostać zainstalowane.

Instalacja

Pobieramy aktualną wersję ze strony: http://sourceforge.net/projects/scibuntu/

Następnie zmieniamy rozszerzenie z *.txt na *.sh. Wchodzimy do konsoli i przechodzimy do katalogu, do którego pobraliśmy instalator. Jako root wydajemy:

chmod +x scibuntu041-beta.sh
./scibuntu041-beta.sh

Pojawia się okno, wybieramy interesujące nas pakiety. W tym momencie powinna zacząć się instalacja. Może trwać dość długo w zależności od prędkości posiadanego łącza.

Pełna lista pakietów znajduje się pod adresem: http://scibuntu.sourceforge.net/swlist.html
Strona projektu: http://scibuntu.sourceforge.net/