… w bardzo prosty sposób
Obok projektu fold.it, o którym później a w którym można zaangażować się w „zabawę” zwijania poprzez interaktywny program okienkowy istnieje ciekawy projekt, w którym wystarczy zainstalować ze strony pomysłodawców malutkiego klienta f@h. Po instalacji program w tle, bez zawieszania systemu staje się cząstką najpotężniejszego komputera świata.
Moc obliczeniowa projektu Folding@home obecnie jest trzykrotnie większa od najszybszego komputera na świecie (Cray XT Jaguar), podczas gdy koszt (dzięki wolontariuszom, do których możesz dołączyć) to zaledwie ułamek milionów dolarów zainwestowanych w Cray’a. Obecnie średnia liczba rdzeni obliczeniowych pracujących na rzecz badania białek to ok. 330 tys.
Opisywany tu projekt jest dzisiaj jednym z wielu służącym nauce poprzez obliczenia rozproszone a stworzony został konkretnie w celu wykonywania złożonych symulacji zwijania białek i innych w dziedzinie dynamiki molekularnej. Celem jest poznawanie zjawisk towarzyszących procesowi zwijania, jego błędów i chorób z nimi związanych.
Koncepcja stworzona została przez Dr. Vijay’a Pande – profesora chemii i biologii molekularnej na Uniwersytecie Stanforda w Kalifornii. Na podstawie wyników programu opublikowano ponad 54 prace naukowe, co stanowi liczbę większą od publikacji innych programów obliczeń rozproszonych wziętych razem.
Jeśli ktoś wolałby wspomóc poszukiwanie radiowych sygnałów od kosmitów może wziąć udział w innym projekcie (SETI@home). Tak naprawdę znajdzie się coś dla każdego. Uniwersytet Berkeley stworzył tzw. BIOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), który w taki sam sposób jak folding@home pomaga wielu dziedzinom nauki – matematyce, biochemii, fizyce, statystyce i wielu innym. Aktualny status prowadzonych projektów znajduje się na Wikipedii. Jednakże…
dlaczego akurat F@h?
Dlaczego polecam ten projekt? Dla kogo to jest ważne?
Białka to kluczowe komponenty organizmów żywych. Gdy prawidłowo funkcjonują – dobrze funkcjonują także komórki budujące ciało. Nie wystarczy odpowiedni skład proteiny, potrzebna jest prawidłowa jej forma. W komórce syntetyzowane są łańcuchy aminokwasów, które ulegają procesowi zwijania białka (ang. protein folding) tworząc odpowiednią strukturę przestrzenną (konformację), odpowiedzialną za pełnienie odpowiedniej roli biochemicznej. W wyniku powstałych czasem błędów zwijania powstają cząsteczki o nieprawidłowej budowie, które nie funkcjonują, jak powinny i mogą zlepiać się w patologiczne struktury. Efektem taki patologii jest wiele chorób, m.in. choroba Alzheimera, Huntingtona, Parkinsona czy różne postacie nowotworów.
Przeciętny komputer domowy w ciągu całodziennej pracy jest w stanie zasymulować około jednej nanosekundy procesu zwijania się białka. Pełen proces dla najmniejszej proteiny trwałby w takim wypadku około 1000 dni. W takim wypadku potrzebny jest superkomputer, który zrobi to szybciej jednak wydatek wynajęcia jest zbyt wysoki dla niekomercyjnego projektu naukowego. Dlatego potrzebni są wolontariusze, którzy podczas pracy w pakietach biurowych, korzystania z zasobów multimedialnych, surfowania w Internecie dadzą nauce moc obliczeniową komputera bez zauważalnego wpływu na czynności, które wykonują.
W chwili obecnej istnieją programy dla najbardziej popularnych systemów operacyjnych. Działa również w systemie Windows 7. Klienta FAH (F@h) można również spotkać w specjalnych wersjach na Playstation3 czy niektóre karty graficzne o wysokiej mocy.
Każdy „zwijacz” rejestrując się wybiera team i nazwę użytkownika. Pomysłodawcy wprowadzili system punktowy, który daje możliwość porównywania wyników zarówno użytkowników jak i zespołów. Tworzony jest również ranking na podstawie punktów. Popularne są zespoły narodowe, chociaż istnieją tez skupiające osoby związane z medycyną czy sympatyków określonego sprzętu komputerowego czy systemu operacyjnego. Team Poland o numerze 276 w chwili pisania artykułu zajmuje 45 miejsce w ogólnym rankingu zespołów na świecie.
Zapraszam!
Najnowsze komentarze