Bioinformatyk.eu nowy serwis o bioinformatyce i programowaniu

08 maj, 2010

Scibuntu

Zamieszczony przez: Mateusz Koryciński w: Bioinformatyka|Linux

W internecie dostępnych jest kilka dystrybucji Live Linuksa przeznaczonego dla biologów. Należą do nich między innymi:

Dystrybucje te wyposażone są w oprogramowanie niezbędne do pracy w niektórych dziedzinach biologii. Dzięki temu, że są wersjami live, nie musimy ich instalować, wystarczy, że uruchomimy je zamiast zainstalowanego systemu operacyjnego. Jednakże co jeśli mamy już linuksa? Czy nie lepiej zainstalować odpowiednie programy i nie utrudniać sobie życia innym linuksem?

Dzięki twórcom Scibuntu mamy taką możliwość.  Scibuntu jest paczką zawierającą oprogramowanie przydatne w codziennej pracy badawczej. Znajdziemy w niej między innymi:

  • Narzędzia służące do redagowania i czytania publikacji naukowych
  • Menadżer odwołań
  • Narzędzia matematyczne i statystyczne
  • Narzędzia do używania plotera
  • Narzędzia fizyczne
  • Narzędzia chemiczne
  • Narzędzia bioinformatyczne
  • Narzędzia konsolowe

W czasie instalacji możemy wybrać, które pakiety mają zostać zainstalowane.

Instalacja

Pobieramy aktualną wersję ze strony: http://sourceforge.net/projects/scibuntu/

Następnie zmieniamy rozszerzenie z *.txt na *.sh. Wchodzimy do konsoli i przechodzimy do katalogu, do którego pobraliśmy instalator. Jako root wydajemy:

chmod +x scibuntu041-beta.sh
./scibuntu041-beta.sh

Pojawia się okno, wybieramy interesujące nas pakiety. W tym momencie powinna zacząć się instalacja. Może trwać dość długo w zależności od prędkości posiadanego łącza.

Pełna lista pakietów znajduje się pod adresem: http://scibuntu.sourceforge.net/swlist.html
Strona projektu: http://scibuntu.sourceforge.net/

Autorem artykułu jest Mateusz Koryciński

7 odpowiedzi na "Scibuntu"

1 | fred

8. Maj 2010 o 21:57

Avatar

Którą dystrybucję live polecasz? Do doinstalowywania paczek do wersji zainstalowanej jakoś nie mam zaufania więc na razie w to się bawić nie będę, ale chętnie z płytki bym sobie odpalił jakąś dystrybucję.

2 | Mateusz Koryciński

8. Maj 2010 o 22:13

Avatar

Osobiście korzystałem jedynie z Bioknoppixa, i to tylko chwile z ciekawości. O Bio-Linuxie i BioPuppy usłyszałem dość niedawno. Używam Linuxa na co dzień więc zainstalowałem Scibuntu.

3 | Rafał

8. Maj 2010 o 23:55

Avatar

Wersje Live Linux’ów są fajne. Mogą zostać zainstalowane w dowolnym momencie na dysku twardym – opcja podczas rozruchu. Jeśli już korzystam to z Knoppixa (w prawdzie nie z tego bio tylko ze zwykłego). Ostatnio jednak dostawiłem 6-ty dysk w mojej stacji roboczej i zainstalowałem tam Centos’a. Robię na linux’ie pracę zaliczeniową w C++’ie.

4 | fred

10. Maj 2010 o 16:11

Avatar

Jakoś nie mam przekonania do jakichkolwiek dystrybucji rozwijanych niezależnie… Ewentualnie Ubuntu + narzędzia w dodatkach. Poczekam jeszcze trochę. Pozytywnie jestem zaskoczony ostatnią wersją i myślę, że ewolucja Linuksa idzie w dobrą stronę. Na razie nikt mnie do niego nie przekona.

5 | Mateusz

8. Listopad 2010 o 19:34

Avatar

SYNERGY: glart

Na pewno jest to ciekawy program i myślę, że będzie popularny wśród naukowców. Pytanie tylko: czy naukowcy wszyscy używają Linuksów? Jeśli nie, to jest to narzędzie zbędne. Chyba że większość używa.

Co do wersji Live, to sprawdzają się tylko na mocnych maszynach. Najlepiej jest, aby były uruchamiane z pendriva. Przy słabszych maszynach oraz na słabszych napędach CD wersje live są zbędne ponieważ działają (strasznie) wolno.

Pozdrawiam!

6 | Geekboy68k

13. Listopad 2010 o 17:36

Avatar

Serwis jest fantastyczny i szkoda, że to jedyny wpis o systemach opartych na jądrze GNU/Linux. Do opisu dodałbym jeszcze DNALinux i Bioslax, opartego na Slackware, którego miałem kiedyś przyjemność testować.

@Mateusz
Właśnie problem w tym, że w organizacjach naukowych otwarte oprogramowanie gości głównie na serwerach. Na stacjach roboczych przeważnie gości Windows, bo:
1. Łatwiej o oprogramowanie.
2. Przyjaźniejszy.

W oczach wieloletniego Uniksowca to stereotypy, ale nie w przekonaniu kogoś, kto z open-source miał niewiele wspólnego.

7 | Justi

13. Listopad 2010 o 17:43

Avatar

Niedługo pojawi się kolejny artykuł, tym razem o BioLinux. Dziękuję za pochlebną opinię :)

Formularz komentarza

Bioinformatyk.eu na Facebook'u

Ciekawa literatura

Reklama

Linki

O serwisie


Dynamiczny serwis tworzony przez studentów, dla studentów, który chcą dowiedzieć się czym jest i zajmuje się bioinformatyka. Naszym głównym celem jest zaopatrzenie Ciebie w niezbędną wiedzę, potrzebną do wypłynięcia w rozwijający się świat bioinformatyczny!