Bioinformatyk.eu nowy serwis o bioinformatyce i programowaniu

W obecnych czasach, w których tysiące naukowców w dziesiątkach laboratoriów na całym świecie kreują trudną do zliczenia ilość informacji, dramatycznie uwydatnia się potrzeba szybkiego porządkowania i standaryzowania danych. Rezultatem istnienia tej potrzeby jest pojawienie się na gruncie nauk biologicznych zupełnie nowego zawodu: profesji biokuratora.

Zrodzeni z chaosu

Według mitologii greckiej Wszechświat i wszystkie jego elementy pochodzą z Chaosu – pierwotnego, nieuporządkowanego stanu egzystencji. Chociaż daleki od mitologicznego znaczenia tego pojęcia, stan współczesnej szybko rozwijającej się nauki wydaje się czasem niebezpiecznie zbliżać do potocznego rozumienia słowa chaos. Szybkość produkcji danych naukowych wyprzedza nieraz możliwości ich przetworzenia i sensownego wykorzystania. Brak standaryzacji i odpowiedniego opisu sprawia, że wiele wyników badań przynosi niewielki pożytek, a potencjalnie ważne informacje w natłoku innych po prostu się gubią.

Podobnie jak pierwotny mitologiczny Chaos zrodził w końcu istoty, które dały początek uporządkowanemu światu, tak z chaosu informacyjnego na gruncie biologii wyłania się właśnie nowa klasa specjalistów. Ich zadaniem jest wprowadzanie reguł w zbiorach danych, porządkowanie informacji i uważne domontowywanie nowych elementów do wcześniej ułożonej naukowej układanki.

Biokurator – zaciszna praca na drugiej linii.

Charakter zadań biokuratora sprawia, że jego praca różni się od działań typowego naukowca, którego metaforycznie umiejscowić można na pierwszej linii naukowego pola bitwy. Zamiast badacza-odkrywcy spędzającego większość czasu w laboratorium, który jawić się może podobnie do odkopującego artefakty archeologa, biokuratora postrzegać należy raczej jak swoistego współczesnego kustosza epoki cyfrowej, dbającego o właściwe przechowywanie i udostępnianie kolekcji mozolnie zbieranych przez innych danych.

Ze względu na charakter tej pracy, nie każdy planujący związać swoje życie zawodowe z nauką łatwo odnajdzie się w profesji biokuratora. Z drugiej strony, ze względu na mile widziany wcześniejszy staż pracy naukowej i doświadczenie co najmniej na poziomie post-doc, stanowisko biokuratora może być satysfakcjonującą odmianą dla osób pracujących na polu nauk biologicznych, które nie odnalazły pełnego zadowolenia w pracy laboratoryjnej i na typowej ścieżce kariery naukowej.

Osoby pragnące zmienić szalki, mikroskop i pipety na komputer i odnaleźć przyjemność w zawodzie biokuratora powinny przede wszystkim lubić przekopywanie się przez duże ilości literatury oraz odnaleźć w sobie żyłkę detektywa. Zamiłowanie do systematyczności i czerpanie przyjemności z kreowania porządku, to potencjalnie dodatkowe zalety adeptów takiej pracy. W zakresie obowiązków biokuratora znajduje się najczęściej swoista kontrola jakości rezultatów badań przeznaczonych do późniejszej publikacji, ekstrakcja i organizacja informacji pochodzących z baz literatury naukowej oraz właściwy opis i dołączanie nowych danych do zbiorów, umożliwiających ich łatwe wyszukiwanie. Biokuratorzy biorą również udział w projektowaniu i rozwijaniu ontologii mających właściwie reprezentować schemat pojęciowy danych obszarów wiedzy.

Profesja biokuratora pozwala obcować z „żywą” nauką na najwyższym poziomie, chociaż nie łączy się na ogół z koniecznością tworzenia i publikacji własnych prac. Stanowisko takie daje mniej okazji uczestnictwa w konferencjach naukowych, jednak jako jego zaletę można postrzegać także fakt braku konieczności żmudnego pozyskiwania funduszy na własną pracę.

Niewielu dzisiaj, wielu jutro

Obecnie osoby uprawiające zawód biokuratora to jeszcze swoista elita. Założone trzy lata temu zrzeszające biokuratorów stowarzyszenie ISB (International Society for Biocuration) liczy niewiele ponad 300 członków, którzy pracują w około 100 instytucjach naukowych na świecie. Jednak rozwój technologii znacznie ułatwiającej na przykład sekwencjonowania DNA i wiążący się z tym przyrost koniecznych do uporządkowania danych prawdopodobnie szybko ten stan rzeczy zmieni. Już niedługo zamiast profesją nielicznych, specjalizacja „biokurator” może stać się poszukiwanym przez pracodawców i powszechnie oferowanym przez uczelnie kierunkiem rozwoju zawodowego.

Przydatne linki:
O tym, jak biokuratorzy sami definiują swój zawód, jakich narzędzi używają w swym działaniu oraz jak wygląda rynek pracy w tej profesji, dowiedzieć się można na stronie: ISB International Society for Biocuration.
Kolekcja artykułów poświęconych zagadnieniom zawodu biokuratora znajduje się tutaj: PLoS Computational Biology: Biocurators.
Obrazowy przykład wspaniałych rezultatów żmudnej pracy biokuratorów odnaleźć można w postaci: Comparative Toxicogenomics Database.

Źródła:

Bourne, P.E. i McEntyre, J. (2006). Biocurators: Contributors to the World of Science. PLoS Computational Biology, 10. doi:10.1371/journal.pcbi.0020142

Sanderson, K. (2011). Bioinformatics: Curation generation. Nature, 470. doi:10.1038/nj7333-295a

Autorem artykułu jest Jakub

Więcej artykułów tego autora
Jakub - strona www