Zacznijmy od tego na czym polega modelowanie homologiczne. Głównym założeniem w tej metodzie jest to, że cząsteczki mające wspólnego przodka (homologiczne) bardzo często mają podobną strukturę przestrzenną, pomimo pewnych różnic. Pierwszą rzeczą jaką trzeba się zając przy modelowaniu homologicznym, jest zbadanie samej sekwencji. Polega to na szukaniu poznanych już domen, które może zawierać badana przez [...]
Tym razem chciałbym napisać parę słów o flatfile, czy o formacie używanym przez kilka dużych baz danych takich jak DDBJ, GenBank(należący do zespołu baz NCBI), EBI. Relacje między indywidualnymi formatami flatfile zapewniają efektywność w wymianie informacji między tymi bazami danych. Flatfile stosowany przez DDBJ i GenBank jest prawie identyczny, natomiast wykorzystywany przez EBI różni się [...]
FASTA, to określenie popularnego tekstowego formatu danych (zwanego również Pearson), w którym składuje się informacje dotyczące sekwencji nukleotydowych lub peptydowych. Pojedyncze nukleotydy lub aminokwasy są reprezentowane przez pojedyncze litery. Standardowy plik fasta może zawierać od jednej do kilkudziesięciu, albo i więcej sekwencji. Każda z nich poprzedzona jest wierszem rozpoczynającym się od symbolu ”>”. Znak ten [...]
23 lip, 2010
Zamieścił: Jarek w: Genetyka
Od momentu, gdy pojawiły się techniki umożliwiające szybkie sekwencjonowanie DNA, badania opierające się na porównaniu ich sekwencji stały się bardzo popularne i pomocne w rozszyfrowywaniu ewolucji. Informacje uzyskane na podstawie materiału genetycznego obecnie żyjących organizmów daje tylko częściowy obraz procesów zachodzących w przyrodzie już od bardzo dawna. Wykorzystanie starożytnego DNA pomaga uzupełnić pewne luki, rozwiązując częściowo nasze [...]
Najnowsze komentarze